Anthropic×Adaptyv 蛋白设计大赛 2026：$2M+ 投入、5,000+ 设计湿实验验证的五连挑战

🎯一句话判断与赛事卡片

核心判断：这是 Anthropic 与 Adaptyv 把"AI 蛋白设计"从演示推向开放基准的一步棋：不设现金奖，筹码是 $1M+ Claude 额度 + $1M+ 湿实验验证，把 5,000+ 个真实设计送进自动化实验室，再以 ODC-BY 许可把全部序列、结构、方法与实验数据（包括失败）公开。对领域而言价值不只在"比赛"——它将成为迄今最大规模的条件化设计（conditional design）公开实测数据集；对参赛者而言，评审不是单一 in silico 指标而是一个未公开的 Claude 遴选工作流，"讲清方法 + 合理排序提交"与"跑出高分"同等重要。

$1M+Anthropic 赞助的 Claude credits（另由 Modal 提供算力）

$1M+Anthropic & Adaptyv 赞助的湿实验验证（DNA 由 Twist Bioscience 提供）

5,000+拟合成并表征的蛋白设计总数（Adaptyv 自动化实验室）

5 题2026.09.28—11.01，每周一一题；Challenge 1（EGFR）提交中

项目	内容
赛事	Anthropic × Adaptyv Protein Design Competition（Proteinbase 平台：proteinbase.com/competitions/anthropic-adaptyv-2026）
赞助方	Anthropic（Claude 额度 $1M+、湿实验 $1M+ 共同出资）、Adaptyv（湿实验共同出资 + 自动化实验室执行）；协作方 Twist Bioscience（DNA 合成）、Modal（算力）
形式	五连挑战：9/28—11/1 每周一释出一题、周日 23:59 AoE 截止；每题预计筛选 ~1,500 个设计进入湿实验
奖励	无现金奖；Track 1 最高 $50k（学术）/$25k（产业）Claude 额度 + 预留测试名额；Track 2 获 Claude Max 20x；结果公开 + 非现金特别奖（待公布）
数据条款	被测设计的序列、预测结构、方法、实验测量全部公开于 Proteinbase，ODC-BY 许可；阴性结果同样公开；设计者保留所有权
当前状态	Challenge 1（EGFR）提交开放中，截止 2026-10-04 23:59 AoE；Tracks 1/2 资助申请已于 9/24 截止，Track 3 开放轨仍可参加

🛤️三轨参赛制：谁能拿到什么资源

Track 1 · 实验室与公司

面向有显著蛋白设计经验的团队。学术队最高 $50,000、产业队最高 $25,000 Claude 额度；约 30 队入选；每题预留 ~15 个设计的测试名额。需机构/公司邮箱申请，可能需要机构支持函。申请已截止（9/24）。

Track 2 · 个人与小组

面向有机构/公司隶属的个人或 ≤3 人小队。获 Claude Max 20x 竞赛期内使用权；设计可被考虑进入湿实验但无保证名额。申请已截止（9/24）。

Track 3 · 开放轨

面向 Track 1/2 之外的合规参与者。自备工具与算力（Claude 可选、非必需）；设计经同一联合遴选流程考虑进入测试，无保证名额。无需申请，注册 Proteinbase 账号即可提交——目前仍可参加的唯一入口。

一个值得注意的机制细节：Tracks 1/2 的 Anthropic 支持附带条件——竞赛相关工作须使用 Claude；Track 3 则完全工具自由。未用完的 Claude/Modal 额度在赛事结束时失效，Claude Max 订阅约在开赛三个月后到期。

🧬Challenge 1：EGFR 条件化 binder 三目标

首题要求设计针对人源 EGFR 胞外区的 binder，官方建议靶向功能性表位（如 domain III——cetuximab 与 panitumumab 两个治疗性抗体的同一表位区域；参考结构 PDB 6ARU，EGFR 胞外区-西妥昔 Fab 突变体复合物）。题面只给了序列与建议表位，真正的难点是三个目标要同时成立：

① 亲和力

结合人源 EGFR 完整胞外区。建议打功能性表位（domain III）以保留治疗相关性。

② 小鼠交叉反应

同一序列须同时结合人源与小鼠 EGFR——省去为临床前鼠模型单独开发 binder 的环节。

③ pH 选择性

pH 6.5（模拟肿瘤微环境）结合、pH 7.4 无可检测结合——把"只在肿瘤里工作"写进分子属性。

排名权重与直觉相反：官方明确按 pH 选择性 → 小鼠交叉反应 → 亲和力 的优先级评估，并说明"弱但明确 pH 敏感的 binder 可能被视为比高亲和力但不敏感的设计更有影响力"。本质是鼓励攻克前沿能力（条件化开关）而非刷亲和力指标。这与此前的 EGFR 赛后分析结论呼应：单纯亲和力在蛋白设计里已相对可解，条件化才是真瓶颈。

🗓️赛程与关键节点

09.16 — 09.24

Tracks 1/2 资助申请（已截止）

09.28 前

Anthropic 通知获资助团队

09.28 — 11.01

五连挑战：题面每周一 ~9:00 PDT 释出，周日 23:59 AoE（UTC−12）截止。C1: 9/28–10/4 · C2: 10/5–11 · C3: 10/12–18 · C4: 10/19–25 · C5: 10/26–11/1

至 11.30

入选设计在 Adaptyv 自动化实验室合成与实验测试；各题数据预计题窗关闭后约一个月发布（首批 11 月初）

12.15

全部实验数据在 Proteinbase 公开

后四题题面未公布，但官方 FAQ 已透露两个方向的实验设计：peptide–MHC 复合物题将加测相关脱靶（off-target）；GPCR 题暂只测结合。这提示出题轴心是条件化/选择性（pH、物种交叉、脱靶谱），而非静态亲和力。

📤提交规范与硬性筛选

分子类型与长度：de novo 蛋白（minibinder / 大蛋白 / microbinder）、纳米抗体、抗体（scFv 或 Fab）。单链 10–250 aa；纳米抗体/抗体以 ANARCI 类工具注释为准，建议使用常见 framework；scFv 可能被重排为官方 linker。
CSV 格式：按你的排序自上而下（首行最佳），至少含 name、sequence、molecule_class（protein / nanobody / scfv / fab_kappa / fab_lambda）；Fab 以 "VH:VL" 单序列提交。
数量上限：Track 1 每题 20–40 个设计；Tracks 2/3 每题至多 20 个。
硬性筛选：长度合规、nanobody/antibody 属性合规、序列唯一、必须 de novo 且 zero-shot——不得从既有 binder 出发改造，需与已知蛋白保持足够的序列/结构多样性（纳米抗体/抗体看 CDR 多样性）。可用已知 binder 校准过滤指标或微调/训练模型，但不能以其为起点。
附加材料（强烈建议）：评估指标（ipTM、ipSAE、自洽性、物理指标、liability 分数）、设计与折叠模型的结构、方法学描述与 provenance；可挂 Google Drive/GitHub 链接。官方甚至建议"让 Claude 写一篇 methods paper + 元数据包"随附提交——因为 Track 2/3 的遴选会把你给的信息一并喂给 Claude 做判断。

🤖遴选机制：Claude 当评审

每题预计 ~1,500 个设计进入湿实验，分配比例为 Track 1 占 50%、Track 2 与 3 各 ~25%（各约 375 个）。遴选方式按赛道分层：

Track 1：通过硬筛后取每队提交 CSV 的前 20 个——你的排序方法直接决定哪些设计被测，官方建议在 methods 里描述排序依据。
Track 2/3：全部合格设计连同所附信息被打包给 Claude，用一份 Anthropic 与 Adaptyv 预先写好的选择提示词（selection prompt）打分，依据"预测质量 + 设计新颖性 + 方法新颖性"挑 ~375 个/轨/题。

两条红线：选择提示词刻意不公开——官方明确说这是为防止各队围绕某个未必与实验结果相关的指标过度优化；在提交材料中嵌入指令或 prompt injection 可被直接判为取消资格。

这是目前公开赛事里少见的"LLM-as-judge"选样设计：把方法描述当成遴选输入的一部分，意味着一份严谨的 methods 文档本身就是竞争筹码——方法新颖性明确计入遴选维度。

📖数据开放、IP 与合规红线

所有权：参赛者保留设计所有权；但被测设计的序列、预测结构、方法与实验数据在 Proteinbase 以 ODC-BY 许可公开——包括阴性结果。未被选中但进入公开 Collection 的设计同样适用。
匿名提交允许（注册匿名 Proteinbase 账号，事后可解除匿名）。
工具自由：任何可合法获取的工具都可用（开源折叠/设计模型、内部工具均可）；商业许可工具（如 Rosetta）需自备许可。官方推荐 Anthropic 的推理优化版折叠与设计模型（uplifting-biomolecular-modeling 仓库）以最大化 GPU 利用。
Claude 输入输出受参与者各自 Anthropic 账户 ToS 约束。

🏗️战术解读：这赛在测什么、该怎么备

① 它本质是"条件化设计"的公开大考

EGFR 题的三目标——跨物种交叉 + pH 开关——对应的是 binder 设计的真实痛点：亲和力早已不是瓶颈，"在对的条件结合"才是。技术上 pH 选择性意味着在界面埋入组氨酸类 pH 感应元件（His pKa≈6.5）并控制其质子化耦合；这与我们此前评注的 folding trunk 论文点名的"pH 开关"（组氨酸质子化驱动构象变化）是同一物理机制——评估管线里应显式扫描设计界面上的 His 分布与去质子化敏感性，而不是只做 7.4 下的 ipTM 筛选。

② 多目标排序改变管线优先级

单题 ~1,500 个测试、三目标分层评奖——提交排序本身就是策略：Track 2/3 只有 ≤20 个名额且由 Claude 遴选，CSV 排序与 methods 文档的清晰度会实质影响入选率。把每条设计的预测指标、pH 响应逻辑、novelty 论证写进随附材料，比多刷几百个未解释的序列更划算。

③ 数据面：5000+ 实测是稀缺公共品

对比 GEM×Adaptyv RBX-1 赛的 300 个测试设计，本次规模放大 ~17 倍且题目是"条件化"难度。全部数据（含失败）ODC-BY 公开，12/15 起可下载——对 binder 设计方法的基准建设、负样本分布分析、遴选-实验相关性研究，都是一等一的新素材。即便不参赛也值得跟踪。

④ 合规与工程注意

de novo + zero-shot 是硬筛：任何"拿已知 binder 改"的路线直接出局；序列唯一性要求意味着要做冗余去重；提交信息会进入 Claude 遴选上下文——严禁在 methods/元数据里写注入指令。此外官方推荐其推理优化模型栈（folding/design 简化版 binder prompt），在额度约束下能提高迭代吞吐。

最后一个坐标定位：9 月下旬正值国内"长江杯"（纳米抗体/minibinder 从头设计 + 湿实验验证，¥100 万奖金）与清华 PDC2026（NK2R 纳米抗体激动剂）开赛，三者在同一周窗口内形成"中美蛋白设计赛事共振"——Anthropic×Adaptyv 的特点是无奖金、重开放数据、LLM 深度嵌入赛事流程本身（额度激励 + 遴选评审 + 方法文档生成），这是与国产赛事"奖金+落地转化"路径的结构性差异，值得在做赛事布局时对照参考。

📚参考链接与核验说明

Competition 主页面（赛制、三轨、总日程）：proteinbase.com/competitions/anthropic-adaptyv-2026
Challenge 1: EGFR 挑战页（序列、三目标、排名规则、FAQ 全文）：proteinbase.com/competitions/anthropic-adaptyv-2026/challenges/egfr
官方竞赛条款（IP/数据发布 §6）：proteinbase.com/competitions/anthropic-adaptyv-2026/terms
Anthropic: Claude accelerates protein design（技术报告与 HuggingFace 数据集）
Anthropic: Uplifting biomolecular modeling（推理优化模型栈，github.com/anthropics/uplifting-biomolecular-modeling）
Adaptyv 关于 novelty 的博客与 EGFR 赛后分析论文（bioRxiv 2025.04.17.648362）；前序赛事 GEM×Adaptyv RBX-1 数据见 Proteinbase Collections

核验说明：赛制、轨道权益、时间表、EGFR 三目标、提交规范、遴选机制与数据条款均经 Proteinbase 官方页面与 Challenge FAQ 核对（2026-09-29）。§8 为评注性分析，非官方声明；赛程标注"计划如有变更以官方为准"，各题窗口以 23:59 AoE（UTC−12）截止。Challenge 2–5 题面尚未公布，文中相关描述引自官方 FAQ 的实验设计说明（pMHC 脱靶、GPCR 仅结合）。本文档为赛事技术解读，非参赛决策建议。