#0012026-07-16结构免疫
Characterising AlphaFold 3’s Ability to Predict T Cell Antigen Specificity
系统评测 AF3 在未见表位设定下对 TCR:pMHC 特异性的预测（~0.6 ROC-AUC），依赖 MSA 与几何置信度，并给出 >100× 加速的高通量管线。
#0022026-07-16生成表征
Exploring the Alignment of Generation and Understanding in Protein Structure Modeling
蛋白扩散生成模型在 EC/GO 理解任务上远弱于编码器；ReaPro-1c 在去噪训练中对齐中间隐状态到冻结理解嵌入，同步提升覆盖与 motif scaffolding。
#0032026-07-16功能表征
AlphaFunctor: Bridging The Gap Between Protein Function Annotation and Property Prediction
用持久 Laplacian、path complex 与 InterPro 域特征从序列学 GO，并迁移到定位、溶解度与亲和等多性质任务。
#0042026-07-16药物生成
Generating Developable 3D Molecules via Pocket-Conditioned Diffusion and Property-Aware Optimization
conDitar-dev 将多尺度口袋表征与口袋条件扩散解耦，采样期 paOPT 优化 ADMET，在人类靶点集与湿实验上兼顾亲和与可开发性。
#0052026-07-16智能体系统
Automatic ODE Discovery for Biological Systems Using LLM-Powered Agentic System
MEDA 用 LLM 智能体把文献约束形式化为可审计规格，再驱动约束符号回归发现生物 ODE，强调机制结构正确性优于单纯轨迹拟合。
#0062026-07-16肽设计
MDMI: Structure-guided Pipeline for Functional Alternatives in Peptide–Protein Interfaces
在约百条标注的 split-GFP 设定下，用 AF-Multimer 界面特征+遗传算法发现功能肽替代序列，结构感知模型显著降低假阳性。
#0072026-07-16药物结构
Vilya-1: All-atom Foundation Model for Macrocycle Structure Prediction and Design
面向任意可合成化学的全原子宏环基础模型，在 66 个环肽晶体上 89% 近原生环构象成功率，并支持置信排序与预组织导向设计。
#0082026-07-16动力学力场
TWIN: Transferable Implicit Solvent ML Potential Approaching Ab Initio Accuracy
MACE 等变 GNN 学习无拓扑先验隐式水势，经 DFT→力匹配→水合自由能三级训练，精度接近 ab initio 且大幅降低每步代价。
#0092026-07-16表征药物
MolMAE: Surface-Centric Multimodal Masked Autoencoder for Molecular Representation
以分子表面为一级信号、官能团对齐共掩码重建几何/ESP/Fukui 与图/SMILES，MoleculeNet 多项相对 Uni-Mol 提升。
#0102026-07-16抗体蛋白LM
Frozen Foundation-Model Embeddings for Antibody–Antigen ΔΔG Ranking
冻结 AINN-P1 嵌入+轻量排序头把亲和成熟表述为 ΔΔG 排序，5 折 Spearman 从 0.417 提升到 0.533（约 +28%）。
#0112026-07-16设计传感器
De Novo Design of Ligand Binding and Sensing With a Physics-Based Generative Approach
用旋转体相互作用场+MC 片段组装从头设计小分子/金属结合蛋白，并拆分为荧光与 NanoLuc 生物传感器（含血清素/多巴胺/锌）。
#0122026-07-14设计激酶
De Novo Design of Selective Kinase Modulators
Baker 实验室用 RFdiffusion 等设计 96 个 FAK 微型蛋白，33 个功能调控剂（纳摩尔抑制/激活），并迁移到 Src 与细胞表型。
#0132026-07-14蛋白LM适合度
Understanding Language Model Scaling on Protein Fitness Prediction
零样本突变效应随 PLM 规模呈“先升后降”，峰值对应中等 p(sequence)；过大模型过度自信导致 LLR 崩溃。
#0142026-07-14蛋白LM结构
TEDlm: Domain-centric Protein Language Models with Optional Structural Pre-training
在 TED 结构域片段上预训练，TEDlm3D 以序列-only 推理接近 Foldseek 的远程同源检测，MF GO 亦有提升。
#0152026-07-14生成设计
Variable-length Generative Protein Design via Generalized Poisson Flow
GPFlow 用广义泊松过程建模长度演化，无需预设长度即可做结构/序列生成与 motif scaffolding，并提升设计性。
#0162026-07-14抗体自动化
Automation and Active Learning for Multi-Objective Optimization of Antibody Formulations
闭环 DBTL+贝叶斯优化在 ~8e8 制剂空间联合优化 Tm、扩散与高浓度黏度，两轮主动学习显著改善超体积。
#0172026-07-14肽表征
CPP2Vec: Representation Learning for Cell-Penetrating Peptides Prediction
轻量 Word2Vec+分类/摄取/PMO 递送三任务模型，在独立集上高准确率且 CPU 速度约优于 pLLM 嵌入 12×。
#0182026-07-14蛋白LM迁移
Asymmetric Structural Transfer Between Natural Language and Biological Foundation Models
语言→生物结构迁移稳健，反向近基线；规模可能加剧不对称，提示共享结构规律≠对称可迁移智能。
#0192026-07-11抗体免疫生成
IgGM2: All-Atom Foundation Model for Adaptive Immune Receptor Design
统一全原子扩散覆盖抗体/纳米抗体/TCR 的结构预测与靶点条件 CDR 共设计，FoldBench 与 TCR–pMHC 上强接口指标。
#0202026-07-11RNA药物
Adaptive 2.5D Base-Pairing Subgraph Search Detects RNA Small-Molecule Binding Sites
Ribo-LENS 在 RNA 2.5D 碱基对图上学习边收缩口袋，精度媲美全原子共折叠，并支持序列起点虚拟筛选。
#0212026-07-11免疫生成量子
Hybrid Quantum–Classical De Novo Design of MHC-Binding Peptides
用光子 GBS 相关先验驱动条件 GAN 设计 MHC-I 肽，提升稀疏等位基因强结合子产率并有体外稳定化验证。
#0222026-07-11组学ML
OmicFormer: Statistical Priors–Informed Transformer for Omics Prediction
把特征–标签与特征–特征相关先验编码为序列几何，UKB 多模态疾病/性状预测与跨队列迁移优于表格基线。
#0232026-07-11基础模型结构
FlexRibbon: Joint Sequence and Structure Pretraining for Protein Modeling
3B 联合序列–全原子结构预训练（SIMLM），无 MSA 下在柔性接口、抗体设计与蛋白–配体上表现强劲。
#0242026-07-11设计结构
Expanding All-α-Helical Protein Space through Rational Computational Design
用 bifaceted 螺旋规则设计多卷曲螺旋 mCC，约 75% 可溶稳定、>30% 晶体匹配，并支持多位点功能化。
#0252026-07-11蛋白LM进化
Protein Language Models Learn Underlying Mutation Biases Alongside Fitness Landscapes
PLM 伪概率隐含核苷酸突变可达性，微调后与流感/SARS-CoV-2 突变矩阵相关显著增强，影响进化预测。
#0262026-07-11药物生成LLM
DrugGen 2: Disease-Aware Language Model for Enhancing Drug Discovery
疾病本体+靶点条件的分子生成，经 GRPO 提升唯一性、药样与预测亲和，对接验证 ACE 等靶点。
#0272026-07-11DNAML
Deep Learning Predicts Dissimilar DNA–DNA Binding and Engineers Hyperconnected Networks
BINND 在远非互补 20mer 上预测 DNA 结合（AUC 0.88），并工程超连通诱饵–猎物网络。
#0282026-07-09无序蛋白设计
Analysis and Design of Disordered Polypeptides with Optimized Sequence Patterning
用 shuffle 归一化 SHD/SCD/SAD 度量 IDP 序列图样，并蒙特卡洛设计固定/可变组成以调控 LLPS。
#0292026-07-09动力学结构
Bayesian Learning of Distance Metrics Beyond RMSD (BRMSD)
贝叶斯学习逐原子权重的 BRMSD，统一对齐、平滑、聚类与刚性域识别，柔性区不再主导比较。
#0302026-07-09基础模型多模态
SciReasoner: Deep Native Structural Reasoning Across Proteins, Molecules, Crystals
统一结构 token 的基础模型在 GO、逆合成与材料任务上给出可审计结构证据推理链。
#0312026-07-09设计HPC
Design-CP: Context Parallelism for Design of Protein Nanoparticles
对 RFdiffusion3 做 1D/2D 上下文并行，在多 GPU 上端到端生成万残基级对称纳米粒子装配体。
#0322026-07-09DNA强化学习抗体
Breaking the Synthesis Barrier for AI-Designed DNA Libraries (PGLD)
策略梯度优化简并寡核苷酸库（IUPAC 模板），以低合成成本实现模型驱动的大规模随机库并有湿实验。
#0332026-07-09稳定性酶
ThermoFusion: Multimodal Deep Learning for Generalizable Enzyme Thermostability
融合 ThermoMPNN 结构与 ESM2 序列预测突变 ΔΔG，在低同源酶上保持较强泛化。
#0342026-07-09系统基础模型
Canopy: A Heterograph Foundation Model for Metabolic Engineering
千万级多模态异质图预训练，冻结嵌入提升发酵滴度预测（R² 0.41 vs 表格 0.24）。
#0352026-07-09抗体ICL
AbICL: In-context Learning for Antigen-specific Antibody Affinity Ranking
抗原情景元训练让模型用少量支持对上下文适配排序，分布偏移与近邻突变上 AUROC 大幅提升。
#0362026-07-09肽数据
A Comprehensive Dataset of 32 Million Pentapeptide Structures
覆盖 20^5 五肽序列、至多 10 构象/序列的开放 3D 库（3200 万结构），服务肽虚拟筛选。
#0372026-07-09结构药物
The Influence of Ligands on AlphaFold3 Prediction of Cryptic Pockets
配体条件共折叠使 AF3 倾向开放隐蔽口袋，无配体则多为闭合；应作多 seed 系综并做冲突检查。
#0382026-07-02酶结构
Targeted Enzyme Discovery Using Metal-coordination Mining
以 2His-1Gly/Ala 金属配位几何在 AFDB 中挖掘自由基卤化酶，实验验证 AspX/BtnX 新功能。
#0392026-07-02肽主动学习
AI-guided Discovery for Low-resource Peptide Engineering (SCARSE)
ESM-2+GP/树模型在 20–500 标签肽工程中有效；CV R² 可作主动学习是否值得的早期代理。
#0402026-07-02药物安全基准
MolSafeEval: Benchmark for Safety Risks in AI-Generated Molecules
构建安全知识图与检索增强评估，揭示生成模型高毒性比例与安全–功能权衡。
#0412026-07-02进化综述
Modeling Protein Evolution with Generative Models: From Extant Sequences to Dynamics
综述 DCA 等生成景观与群体/GSM 动力学耦合，用于短程病毒进化预测与实验室进化设计。
#0422026-07-02肽生成安全
Pepti-drift: Toxicity-repulsive Drifting for Antigen-conditioned Peptide Generation
抗原条件潜空间吸引–毒性排斥一步生成，在保持结合信号的同时降低预测毒性与溶血风险。
#0432026-07-02冷冻电镜结构
CryoACE: Atom-centric Framework for Accurate Automated Cryo-EM Model Building
原子中心生成从密度建原子图，支持均质与异质重建，并在真实异构数据集上给出完整系综。
#0442026-07-02ML蛋白LM基准
Can Tabular In-Context Learners Generalize to Biomolecular Property Prediction?
TabPFN3/TabICL 在 ESMC 嵌入上 ProteinGym 平均 Spearman 领先，但分子任务高度依赖表示选择。
#0452026-07-02力场动力学
Deep Residual Learning for Molecular Force Fields (ResFF)
解析 MM 共价基线+等变神经残差的混合力场，在未见分子外推与 MD 稳定性上表现稳健。
#0462026-07-01抗体开源
OpenGerminal: Open-source Implementation of the Germinal Antibody Design Pipeline
用 OpenMM/FASPR 等替换 PyRosetta/IgLM 许可瓶颈，开源重实现 VHH 设计流水线并提高 Chai-1 通过率。
#0472026-07-01药物PPI生成
Pep2Mol: 3D Molecule Generation Targeting Protein–Protein Interfaces
以肽结合模式条件扩散生成 PPI 接口小分子，在 1 万+ 对数据集上 Vina 与高亲和率领先口袋-only 基线。
#0482026-06-25设计Binder
ComplexDesign: Sequence-Hallucination Design of Multi-target Bridging Binders
靶点间掩码使 AF-Multimer 幻觉设计同时桥接两靶点的三元 binder，在 glue 样基准上高置信成功。
#0492026-06-25免疫蛋白LM
TCRBinder: Unified Pretrained LM with Paired-chain Synergy for TCR Specificity
全长 α/β+肽/HLA 四分支预训练融合，PHT 任务 AUC 0.91 并与克隆扩增相关。
#0502026-06-25DTIML
A Multi-Modal Co-Attention Model for Accurate Drug–Target Interaction Prediction
GNN 药物图与蛋白自注意力的共注意力融合在 BindingDB 等 DTI 集上高 AUC/AUPR。
#0512026-06-25肽优化量子
Reduced-alphabet QUBO/Ising Formulation for Constraint-driven Cyclic Peptide Design
将环肽残基类分配写成模块化 QUBO，兼容头尾/二硫/钉合与成分/motif 约束，适配经典/量子求解器。
#0522026-06-25智能体ADMET
Closed-loop Auto Research for Molecular Property Prediction
LLM 智能体在特征/模型/数据轴闭循环改 pipeline，用 held-out 认证区分可迁移增益与验证集过拟合。
#0532026-06-25空间组学基础模型
DeepSpot-M: Multimodal Foundation for Transcriptome-wide Virtual Spatial Transcriptomics
基因查询式组织学→全转录组虚拟 ST，跨癌种零样本与 TCGA 大规模部署支持空间免疫结构恢复。
#0542026-06-25抗体蛋白LM
Antibody–Antigen Affinity Prediction with Chain-Aware Protein Language Modeling
AbAffinity 分链处理 H/L/抗原并 CDR 聚焦池化，SAAINT 随机 CV Pearson 0.86、抗原冷分割 0.57。
#0552026-06-23基因组DNA
GENATATORs: Ab initio Gene Annotation With DNA Language Models
长上下文+多物种微调 DNA LM 做从头基因分割，以区间/基因级指标评估，并跨界迁移。
#0562026-06-23基因组宏基因组
DeepCDS: Ab initio Coding Sequence Prediction in Prokaryotic Short Reads
ESM-2 三读框+CRF 联合解码在短/高噪原核 reads 上提升 CDS 与起止密码子定位。
#0572026-06-18蛋白LM强化学习
Be Your Own Teacher: Steering PLMs via Unsupervised Reward Optimization
用不确定性与嵌入一致性代理奖励做离线 SRO/BRO，无需湿实验即可提升可控生成。
#0582026-06-18DNA结构
DNA-binding Specificity Recognition from Predicted Homologous Protein–DNA Structures
HomoDSP 用大量预测同源蛋白–DNA 模板增强 PWM 预测，在 DeepPBS 基准与设计蛋白上更准。
#0592026-06-18多模态蛋白LM
LOGICA: Logit-Space Contrastive Alignment Across Biological Modalities
在原生 token 概率空间对齐多模态生物 LM，服务蛋白–配体、耐药突变与 TCR–肽排序。
#0602026-06-18DTI知识图谱
KEPLA: Knowledge-Enhanced Deep Learning for Protein–Ligand Binding Affinity
无复合物结构，用 GO/配体属性 KG 监督+交叉注意力预测亲和，PDBbind 核心集 R=0.83。
#0612026-06-18药物生成
DesignMaster: Multi-Conditional Diffusion for Rational PROTAC Design
时间门控多条件扩散控制 linker 长度与理化性质，PROTAC-DB 上有效性与回收率领先。
#0622026-06-18智能体材料
AdsMind: Physics-Grounded Multi-Agent Discovery of Adsorption Configurations
MLFF 松弛反馈驱动的多智能体闭环吸附构型搜索，高成功率且远少于启发式枚举。
#0632026-06-18蛋白LM进化
Analysis of Phylogenetic Signal in Protein Language Model Embeddings
序列级池化几乎丢失系统发育信号；位点级距离累积可恢复拓扑但支长失真。
#0642026-06-18结构基准
PolyFold: Evaluating Open-Use Molecular Structure Prediction Alternatives
Boltz-2 vs OpenFold3 在 6k+ 后截止 PDB 上基准；WAFI 控制同源泄露并揭示核酸/抗体难点。
#0652026-06-18动力学生成
ConformFlow: Scalable Normalizing Flow for Protein Conformational Ensembles
序列条件 RealNVP 流一步采样构象系综，相对扩散显著加速且 JS 散度接近 MD。
#0662026-06-18MSA优化
RL-enhanced Fuzzy Multi-objective Equilibrium Optimization for MSA
模糊多目标+SAC 调参的增强平衡优化器，在困难 RNA MSA 上兼顾 SP 与紧凑性。
#0672026-06-10设计表面
SurfDesign: Effective Protein Design on Molecular Surfaces
把分子表面视为带法向/理化属性的流形，SEMP+PLM 适配在 binder/酶设计上优于骨架-only 基线。
#0682026-06-10进化祖先重建
Towards Coevolution-Aware Ancestral Sequence Reconstruction
在位点独立 ASR 后验上做 DCA 能量 Metropolis 重排，保持边际并提升共进化与结构合理性。
#0692026-06-10设计逆折叠
Discriminator-guided Inverse Folding for Multi-property Protein Design
DGIF 在自回归每步把多性质判别器梯度注入 KV 历史，无需微调即可联合优化稳定/溶解，有湿实验。
#0702026-06-10ML适合度
Flexible Kernels for Protein Property Prediction (LOCK-GP)
BLOSUM+局部线性相关核的 GP 在稀疏实验数据上高效且校准好，常匹敌高维基础模型嵌入。
#0712026-06-10稳定性OOD
Constraint-Aware Optimization for Robust Protein Stability Prediction
BMC+反对称+OOD-margin 损失提升 SPURS 式 ΔΔG 预测在 S669 等 OOD 集上的稳健性。
#0722026-06-10动力学综述
Protein Dynamics Beyond Structure Prediction (Roadmap)
路线图主张从静态结构走向系综、路径与动力学；需要共享标准、轨迹数据集与实验–模型闭环。
#0732026-06-10生成DNA肽
Flexible Flows for Biological Sequence Design
FlexFlow 用替换矩阵结构化耦合改进离散流匹配，并在 DNA 增强子/启动子与肽–MHC-II 上验证。
#0742026-06-10基因组基准
Nullsettes: Evaluating DNA Function Understanding with Evolutionarily Implausible Sequences
用转位关键元件的合成 cassette 测 gLM 是否理解表达功能；多数模型依赖进化先验而非机制。
#0752026-06-10免疫校准
CaliPPer: Quantifying, Predicting and Improving Binding Model Performance
样本–域距离 S2DD 刻画结合预测泛化，无标签预测 AUROC 并距离感知再校准提升真实发现率。
#0762026-06-10药物生成
Generative Pretraining for Drug Molecule Design with Bidirectional Structure–Property Optimization
BiSP-GP 统一可控生成与性质预测，属性序列化+对比学习支持多目标/骨架条件优化。
#0772026-05-29智能体药物LLM
MolLingo: Molecule-Native Representations for LLM-Powered Scientific Agents
BRICS 块级分子表示+多智能体对接引导编辑，在 DILI 与 hit-to-lead 上提升有效性与对接分数。
#0782026-05-29药物表型生成
PhAME: Phenotype-Aware Molecular Editing via Latent Diffusion
表型 CFG 与种子锚定分解的潜空间编辑，同时优化转录组/Cell Painting 表型与结构保守性。
#0792026-05-29强化学习化学
AtomComposer: Discovering Chemical Space from First Principles with RL
无预训练、固定计量的原子级 RL 搭建 3D 分子，端点原子化能+有效性奖励支持多组成发现。
#0802026-05-29智能体AutoML
AutoScientists: Self-Organizing Agent Teams for Long-Running Experimentation
去中心化智能体团队共享实验状态做长期优化，BioML-Bench 与 ProteinGym 上优于单智能体基线。
#0812026-05-29动力学LLM材料
EvoMD-LLM: Learning the Language of Species Evolution in Reactive MD
把反应 MD 变成（物种, 时长）事件语言，Llama+LoRA 做前/后向预测，显著优于 RAG 与 LSTM。
#0822026-05-29结构ML基准
Traditional ML vs Deep Learning on Dynamic Graph Representations of Protein Folds
动态 PSN+图元特征上 LR 与深度模型精度相近，但 DL 慢 10×+，表示本身是性能主导因素。
#0832026-05-29药物OODLLM
OOD-GraphLLM: Graph LLM for Out-of-Distribution Generalized Drug Synergy Prediction
靶点自适应解缠图编码+NAS+检索增强 LLM，在 scaffold/尺寸 OOD 药物协同预测上全面领先。
#0842026-05-29DTI多模态
Triple-Modal Contrastive Learning for Drug–Target Interaction Prediction
药物与蛋白各自 1D/2D/3D 三模态对比对齐后融合，在 Human/GPCR/DrugBank DTI 上提升 AUC。
#0852026-05-28病毒系统
Multilabel Prediction of Virus Target Proteins via Multimodal Graph Representation Learning
MultiVTP 用 PPI 子图+多模态宿主特征做多病毒标签 VTP 预测，支持少样本新兴病毒与全蛋白组筛选。
#0862026-05-28PPI基础模型系统
ProteomeLM: Proteome-scale Language Model for PPI and Gene Essentiality
在整蛋白组 ESM 嵌入上掩码重建，注意头无监督捕获 PPI 并快速做交互组筛选与必需基因预测。
#0872026-05-24抗体设计
ConTact: Contact-First Antibody CDR Design via Explicit Interface Reasoning
将 CDR 接触位置预测与残基选择解耦，接触引导抗原注入显著提升 CHIMERA-BENCH 上结构与接口指标。
#0882026-05-24抗体蛋白LM
EvoStruct: Bridging Evolutionary and Structural Priors for Antibody CDR Design
ESM-2 进化先验+等变 GNN 结构适配缓解词汇坍缩，AAR 0.43 且有效氨基酸多样性接近天然。
#0892026-05-24抗体生成
AgForce Enables Antigen-conditioned Generative Antibody Design
针对抗原盲与交叉熵天花板，用 MDN-Potts 解码与抗原循环一致性同时提升序列回收与接口质量。
#0902026-05-24PPI系统
ECHO-PPI: Evidence-Bundled Detection of Overlapping Protein Modules
为重叠 PPI 模块每个蛋白–模块归属导出拓扑/语义/GO 证据包与层级置信，服务可审计审编。
#0912026-05-24LLM药物基准
SMDD-Bench: Can LLMs Solve Real-World Small Molecule Drug Design Tasks?
502 个多轮可解药物设计任务基准；最强 GPT-5.4 仅 40.2% 总体成功，3D 任务近零。
#0922026-05-24DTI结构
Hierarchical Contrastive Learning for Multi-Domain Protein–Ligand Binding
HCLBind 用层级 decoy 预训练局部口袋与域间几何，并在 PDBbind 时间切分上以证据深度学习输出不确定性。
#0932026-05-24设计Binder结构
Rescuing True Protein Binders from AI Hallucinations via Statistical Physics Scoring
Sipobe-PPA 用蛋白–小分子训练的统计物理力场零样本打分 PPI，AF3 系综平均后 Top5 命中率 80%。
#0942026-05-24结构功能
Predictions from Deep Learning Propose Substantial Protein–Carbohydrate Interplay
PiCAP/CAPSIF2 在蛋白组尺度预测糖结合：约 35–40% 蛋白与 75% 胞外蛋白具糖结合潜力。
#0952026-05-24表征多模态
A Tri-modal Contrastive Learning Framework for Protein Representation Learning
ProteinAligner 对齐序列–结构–文献，在变异致病性、热稳定与肽活性等多任务上强迁移。
#0962026-05-24设计蛋白LM拓扑
Advancing Knotted Protein Design with ESM3: Guided Generation and Topological Insights
拓扑目标引导 ESM3 从全掩码生成打结蛋白成功率 89%，并显示拓扑对序列扰动高度稳健。