#0012026-10-24设计结构药物
Astrolabe: Programmable all-atom biomolecular design through cross-context coordination and structural intervention
Astrolabe 提出可编程闭环生物分子设计框架，在全原子结构预测与结构条件化生成之间交替迭代，实现跨上下文协调的全原子设计。
#0022026-10-24DTI生成设计
Projected Gradient Descent for Hallucination-Based Protein Binder Design
Ross 等评测 binder 幻觉设计中最简单的优化器替换：用投影梯度下降（PGD）替代 softmax-logit 梯度下降，即插即用改进梯度式 binder 设计。
#0032026-10-24De novo肽动力学
UnibindMD: An integrated AI and molecular dynamics platform for de novo peptide binder design
UnibindMD 把 AI 生成与分子动力学整合为 target-to-lead 工作流，针对纯深度学习 binder 设计常见的失效模式给出修正路径。
#0042026-10-23生成设计结构
Trion-1: Unifying Language, Protein Sequence, and Structure with Diffusion Language Models
Trion-1 被称作首个原生统一的三模态扩散语言模型（dLLM），在同一模型中处理蛋白序列、结构与自然语言。
#0052026-10-23抗体免疫DTI
Active learning framework for antibody binding affinity prediction
基准化高斯过程主动学习闭环，用于紧实验预算下的抗体–抗原亲和力优化。
#0062026-10-23适合度蛋白LM基准
Do protein representations encode variant function? Diagnosing residue-level protein attributions via embedding-space gradients
IGLOO 基准框架检验蛋白表征的残基级归因（Integrated Gradients）是否真的编码变异功能信息。
#0072026-10-23基准结构
MUTASTRUCT: Revisiting Benchmarks for Single-Site Mutation-Induced Structural Change Prediction
MUTASTRUCT 指出单位点突变结构预测基准因突变事件重复与高相似序列而高估进展，并给出修正评测。
#0082026-10-23肽RNADNA
Towards a Unified Framework for Protein Interaction Site Prediction Using Hierarchical Protein Representations
PRIME-ISP 用统一结构框架预测蛋白对七类伙伴（蛋白/肽/RNA/DNA 等）的相互作用位点。
#0092026-10-23适合度生成设计
Multi-objective protein optimization via modular diffusion steering
MODS 把多目标蛋白优化化为对冻结预训练扩散模型的推理期模块化 steering，无需重训。
#0102026-10-23De novoRNADTI
RiboBridge: Protein-conditioned de novo RNA binder structure design
RiboBridge 做位点无关的 RNA binder 设计：只给目标蛋白结构与 RNA 长度即生成候选结构。
#0112026-10-22抗体表位蛋白LM
Sequence-only prediction of VHH nanobody epitopes and paratopes on HER2 with a frozen protein language model (ESM2) and a structure-derived residue prior
严格的仅序列任务：用冻结蛋白语言模型从 VHH 纳米抗体与 HER2 序列预测表位与互补位。
#0122026-10-22酶进化智能体
Reinforcement learning with evolutionary priors unlocks multi-site enzyme optimization from sparse experimental feedback
AlphaVariant 把酶工程化为反馈驱动序列生成：进化先验锚定的 RL 智能体在稀疏数据下做多位点酶优化。
#0132026-10-22动力学结构
Deep: Extracting latent energetic landscapes from protein structure predictors
DEEP 从冻结蛋白结构预测器的 distogram 中抽取潜在能量景观，把预测器变成能量面探针。
#0142026-10-22肽设计结构
Helix Design Studio: Designing antimicrobial peptide candidates for membrane environments
Helix Design Studio 是开源浏览器应用，面向膜环境分析并设计抗菌肽候选序列。
#0152026-10-22肽免疫智能体
An immune world model with multi-agent orchestration for peptide vaccines
多智能体编排的免疫世界模型做肽疫苗设计，把疫苗诱导 priming 与识别的一致性框为“双路径”问题。
#0162026-10-22DNA基因组基础模型
A genomic foundation model for interpreting human genetic diversity
hEVO 紧凑基因组基础模型直接在人类单倍型多样性（47.84 亿个变异位点）上训练，解读人类遗传多样性。
#0172026-10-22智能体生成药物
MADDIE: Multi-Agent Drug Discovery Engine
MADDIE 端到端自主多智能体药物发现引擎，覆盖从候选分子生成到下游分析的完整流程。
#0182026-10-21智能体生成设计
Reliable and Efficient Agentic Protein Design with Toolset Harnessing @RosettaCommons
Chaperone 轻量智能体 harness 封装 RFdiffusion 等 Rosetta 工具链，标准化蛋白设计工具编排。
#0192026-10-21对接生成结构
Curriculum Learning for Generative Flexible Docking
课程学习攻克生成式柔性对接的长尾瓶颈：apo→holo 构象偏移的样本稀缺问题。
#0202026-10-21糖基化对接基准
ProtGlycanDock: Towards Accurate Protein-Glycan Docking with Tailored Dataset, Benchmark and Model
ProtGlycanDock 为蛋白–聚糖对接提供定制数据集、基准与模型，填补聚糖对接评测空白。
#0212026-10-21De novoRNADNA
Curriculum-Augmented GFlowNets For mRNA Sequence Generation
课程增强 GFlowNets 生成编码目标蛋白的多样 de novo mRNA 密码子序列。
#0222026-10-21肽蛋白LMML
What Does Domain-Specific Pretraining Buy? A 170,000-Parameter Plant Peptide Language Model Against the ESM-2 Scaling Curve
用 17 万参数的植物肽语言模型量化领域预训练与通用规模化之间的“汇率”。
#0232026-10-21生成
In Other Words: Learning When to Trust Generated Protein Function Descriptions
论证蛋白-文本生成模型的实用价值关键在“知道何时可信”，而非单纯提升正确率。
#0242026-10-21药物优化
Interpretable Meta-Learning for Multi-Objective Chemical Search
可解释、数据高效的线性元学习方法，作为多目标分子搜索中深度模型的替代。
#0252026-10-20抗体生成设计
Revisiting Structure-Based Filtering for AI-Designed Antibodies: Opportunities, Limits, and What Matters
重审 AI 抗体设计的结构筛选环节：生成动辄数千候选而验证昂贵，分析机会、极限与空白。
#0262026-10-20RNA适合度生成
RNAGenScape: Property-Guided, Optimized Generation of mRNA Sequences with Manifold Langevin Dynamics
RNAGenScape 把 mRNA 序列优化化为在学习到的“可行序列流形”上做 Langevin 动力学局部精炼。
#0272026-10-20蛋白LM生成ML
RecAMPLIFY: Large-Scale Pretraining of Recursive Protein Language Models
recAMPLIFY 大规模预训练递归蛋白语言模型。
#0282026-10-20结构药物
Proteome scale drug prioritization from AlphaFold 3 interaction confidence
评估 AlphaFold 3 蛋白–配体相互作用置信度能否用于蛋白组尺度的药物优先级排序。
#0292026-10-20PPI结构
Distance-AF Multimer: A multi-step approach for protein complex structure modeling with user-defined distance constraints
D-AFM 免训练地用用户自定义距离约束修复 AlphaFold-Multimer“自信但错误”的复合物模型。
#0302026-10-20抗体设计结构
Relation-aware graph–hypergraph networks for antibody sequence–structure co-design
RA-GHN 混合成对关系图与生物物理接地超图，做抗体序列–结构共设计。
#0312026-10-20DNA进化基础模型
DeepD enables efficient genome modeling and controllable long-context sequence generation across domains of life
DeepD 把系统发育信息注入稀疏 MoE 基因组基础模型，实现单核苷酸分辨率的长上下文可控生成。
#0322026-10-20RNA生成设计
RiboBridge couples RNA backbone generation to sequence design through a learned interaction topology
RiboBridge 用学习到的相互作用拓扑把 RNA 骨架生成与序列设计耦合起来。
#0332026-10-20优化ML
CAPO: Compute-Aware Automated Protein-Model Optimization
CAPO 把蛋白模型适配重构为准入控制：按任务、原始 assay 数据与算力预算自动选择优化策略。
#0342026-10-20RNADNADTI
LigRNA: High-accuracy prediction of RNA-ligand binding sites via dynamic chemical complementarity and language model encoding
LigRNA 用配体条件化核苷酸表征（cross-attention）高精度预测 RNA–配体结合位点。
#0352026-10-18肽安全免疫
Protein Deimmunization with a Generative Diffusion Model
MESSI 结构条件离散扩散模型生成保持结构与功能的去免疫原性蛋白序列。
#0362026-10-18肽结构
HighFold-Lasso: Topology-Guided Prediction of Lasso Peptide Structures Using AlphaFold3
HighFold-Lasso 拓扑引导扩展 AlphaFold3，针对套索肽结构预测的关键失效模式。
#0372026-10-18表位免疫设计
Comprehensive In Silico Design, Thermodynamic Optimization, and Dynamic Immunological Profiling of a Recombinant Multi-Epitope Vaccine Candidate Against Chandipura Virus
计算设计 104 氨基酸的 Chandipura 病毒重组多表位疫苗候选，含热力学优化与动态免疫学评估。
#0382026-10-18De novo酶适合度
De novo design of metalloenzymes using Metal Mer
Metal Mer + METALPROT 计算优先管线“开箱即用”式设计有活性的金属酶。
#0392026-10-16适合度进化ML
Simplifying in silico protein evolution with minimal screening by unZipro
unZipro 几何深度学习零样本蛋白进化框架，目标是极小化实验筛选量。
#0402026-10-16酶稳定性适合度
Dual-graph deconvolution of enzyme fitness: an interpretable framework to identify and explain catalytic modulators
双图解耦框架把稳定性驱动与活性驱动的突变效应分开，并给出可解释归因。
#0412026-10-16酶基准数据
CLEAN Database: Providing enzyme function coverage for over 55 million sequences
CLEAN 数据库为 AI 驱动的酶功能资源，覆盖 1,098,305 株、5500 万+ EC 号注释。
#0422026-10-16RNA基础模型生成
Programmable Design of Functional RNAs Through Multimodal Generative Learning
RNAverse 多模态生成式 RNA 基础模型，按显式规格书设计功能 RNA。
#0432026-10-16De novo生成设计
Programming Biological Behavior with AI-Guided de Novo Protein Design
综述论证 AI de novo 蛋白设计正从“单一 binder 对单一靶点”走向自下而上编程生物行为。
#0442026-10-15抗体生成设计
Multi-objective amortized CDRH3 sequence sampling diversifies promising antibody candidates
把固定框架 CDRH3 重设计化为偏好条件化的多目标摊销采样，多样化有前景的抗体候选。
#0452026-10-15PPI生成设计
Joint Discrete and SE(3) Diffusion for Protein Interface Design
PIDiff 多模态扩散联合生成 binder 序列与结构，面向蛋白–蛋白界面设计。
#0462026-10-15生成设计
A diffusion model to shrink proteins while maintaining their function
SCISOR 离散扩散模型以“仅插入噪声”过程压缩蛋白长度，同时保持功能。
#0472026-10-15De novo生成设计
InstructPro2: Natural language and biological grounding guided de novo protein design
InstructPro2 把自然语言设计目标翻译为氨基酸序列，并辅以生物学接地约束。
#0482026-10-15蛋白LM设计结构
ProtModernBERT: Compute-Efficient Protein Language Modeling
ProtModernBERT 基于 ModernBERT 的编码器蛋白语言模型，主打大幅削减预训练算力。
#0492026-10-15智能体设计结构
MolHop: Scaffold-Hopping Molecular Design with Agentic Reinforcement Learning
MolHop 把骨架跳跃升级为智能体强化学习的一等搜索决策，而非局部编辑的副产物。
#0502026-10-15De novoLLM基准
PROTEAN: Beyond De Novo Generation — Can LLM Agents Perform Text-Guided Protein Structure Editing?
PROTEAN 标准化基准评测 LLM 智能体的文本引导蛋白结构编辑能力，面向真实蛋白工程场景。
#0512026-10-15DTI基准设计
zPocket: Better Pocket Finding with Frozen Co-Folding Features
PocketWatch 时间切分口袋预测基准 + 冻结共折叠特征的 zPocket 口袋发现方法。
#0522026-10-15De novo动力学设计
Computational design of protein conformational landscapes for metamorphic behavior
de novo 设计无需外部触发即可在两种良好折叠构象间切换的变态（metamorphic）蛋白构象景观。
#0532026-10-15结构表征
ProTok: Unified Protein Tokenization via Modular Multi-Codebook Quantization
ProTok 用模块多码本量化把蛋白结构、序列与功能统一离散化为单一词表。
#0542026-10-15结构表征
STAMP as a topology-aware molecular language for fragment-level learning and editing
STAMP 拓扑感知分子语言以保 motif 的顺序树附着表示，服务片段级学习与编辑。
#0552026-10-15基因组基础模型表征
BioMod: Biological Module Tokenization for Single-Cell Foundation Modeling
BioMod 把单细胞 token 化为通路/程序等生物学“模块 token”，重构 scRNA-seq 基础模型。
#0562026-10-15De novo设计
De novo design of cysteine proteases
Nature 发表半胱氨酸蛋白酶的 de novo 设计。
#0572026-10-13DNA基因组
Alignment-aware genomic coordinate encoding for long-range DNA modeling
USM-AA 把基因组建模重构为坐标化、稀疏信号学习而非“DNA 当文本”，面向长程 DNA 任务。
#0582026-10-13适合度LLM基准
Probing physical intuition in large language models through partner-dependent mutation prediction
基准测试 LLM 仅凭 3D 结构能否做出伙伴特异的突变效应判断，探测其物理直觉。
#0592026-10-13生成设计结构
Designing Protein Structures From Natural Language
Prompteina 首个文本条件化全原子蛋白结构生成模型，从自然语言直接生成序列与结构。
#0602026-10-13安全LLM智能体
Drylab-bench: Benchmarking the biosecurity risk of agentic LLM mutation design
DRYLAB-Bench 量化智能体 LLM 做突变设计的生物安全风险。
#0612026-10-13适合度进化逆折叠
Filling the Missing Puzzle: Integrating Interaction and Evolutionary Information to Enhance Protein Fitness Prediction in Inverse Folding
论证逆折叠评估应超越序列回收率，融合相互作用与进化信息以增强功能相关设计。
#0622026-10-13肽DTI生成
PeTFlow: Flow-Matching Based All-Atom Peptide Design Through Side-Chain State Tokenization
PeTFlow 以侧链状态 token 化把口袋条件肽 binder 设计化为骨架几何、氨基酸身份与侧链态的耦合流匹配生成。
#0632026-10-13抗体结构
KitAb: An automated framework for assay-specific antibody developability modeling and large-scale landscape analysis
KitAb 自动化框架做 assay 特异的抗体可开发性建模与大规模评估。
#0642026-10-13酶生成设计
Chain of Structures: Connecting Reasoning and Generation for Protein Design
COS 把酶设计化为显式“结构链”多步过程，交替语言推理专家与结构生成器。
#0652026-10-11De novo生成设计
De novo protein design in an expanded chemical space
CheMoDesign 把 PTM、遗传编码非天然氨基酸与表达后化学纳入生成式蛋白设计的化学空间。
#0662026-10-11动力学LLM生成
MD-LLM-2: A Transferable Language Model of Molecular Dynamics with Physical Conditioning and Explicit Path Probabilities
MD-LLM-2 把分子动力学重构为离散结构 token 上的语言建模，支持物理条件化与轨迹生成。
#0672026-10-11动力学DTI结构
Frustration Quenching and Network Topology of the Energy Landscape as Primary Determinants of Protein–Ligand Binding Pose Prediction by Deep Learning Models
论证 AI 姿态预测的“变构盲区”主要是生物物理问题：能量景观挫败淬灭与网络拓扑是主要决定因素。
#0682026-10-11适配体智能体结构
Combining AlphaFold 3 with microscale thermophoresis for aptamer optimisation
AF3 提出适配体–蛋白结合模式，微量热泳动（MST）实验验证的适配体优化工作流。
#0692026-10-10De novo糖基化设计
Programming N-linked glycan composition through de novo protein design New preprint from David Baker!
de novo 设计蛋白序列使其三维折叠同时编码 N-聚糖连接位置与聚糖组成。
#0702026-10-10RNA生成设计
La-Ribo: RNA co-design via geometry–latent flow matching
La-Ribo 用几何–潜空间共享流匹配在单一过程中共设计 RNA 序列与三维结构。
#0712026-10-10DTI结构药物
Simorgh: Ensemble-aware geometric deep learning for apo-state and cryptic ligand binding site prediction
SIMORGH 系综感知几何深度学习，从无配体 apo 结构预测配体结合与隐匿口袋。
#0722026-10-10酶基准ML
Elucidating the Space of Enzymatic Reaction: A Unified Benchmark and Pretrained Model
统一基准加预训练模型学习连接反应物、产物与酶的联合“酶促反应空间”。
#0732026-10-10生成药物ML
Zatom-2: Multitask Pretraining on Atomistic Data for Generative Modeling across Domains
Zatom-2 多任务原子级数据预训练，单一生成模型跨小分子、周期材料与（微调后）蛋白。
#0742026-10-10DNA基因组
RAGenome: Scaling Retrieval-Based Genomic Language Models to Long Contexts
RAGenome 首个检索式基因组语言模型，显式利用全基因组比对扩展长上下文。
#0752026-10-10RNA基准数据
RNA3D-Decoy: A Large-Scale Benchmark Dataset of AI-Generated RNA Structure Models for Quality Assessment
RNA3D-Decoy 大规模 AI 生成 RNA 结构 decoy 基准，用于训练与评测 RNA 质量评估方法。
#0762026-10-10智能体
AI Agent Supervision of Structural Model Building and Refinement
“智能体作监督者”模式：AI 智能体不替代精修引擎，而监督结构模型的构建与精修流程。
#0772026-10-08De novo抗体免疫
De novo design of monoclonal and bispecific antibodies with OFAntibody
OFAntibody 全原子生成框架联合建模，de novo 设计单克隆与双特异性抗体。
#0782026-10-08适合度进化基准
Machine learning-assisted directed evolution yields dramatic improvement on novel AAV engineering task
在临床相关 AAV 生产难题上基准 ML 辅助定向进化 vs 标准定向进化，报告显著提升。
#0792026-10-08适合度进化
Generalizing Protein Fitness Prediction Across Distribution Shifts via Structural and Co-evolutionary Priors
针对蛋白工程实际失效：标准切分下强的适合度预测在分布偏移下失效，用结构与共进化信息实现泛化。
#0802026-10-08适配体DNA设计
AntiCapt: Fine-Tuned Nucleotide Language Models for Predicting and Designing Anticancer Aptamers
AntiCapt 微调核苷酸语言模型，仅序列预测并设计抗癌 ssDNA 适配体。
#0812026-10-08结构表征ML
Atom-JEPA: Joint-Embedding Predictive Architecture for 3D Atomistic Systems
Atom-JEPA 对无标注 3D 原子结构做 JEPA 式自监督预训练。
#0822026-10-08RNADNA逆折叠
Joint protein, mRNA and DNA sequence design and optimization with nucleotide-level Potts models
NuCaliby 把逆折叠重构为核苷酸分辨率问题，联合设计氨基酸序列、mRNA 与 DNA。
#0832026-10-08适合度进化蛋白LM
Linear Fitness Subspace in Protein Language Models Enables Sample-Efficient Directed Evolution
线性适合度子空间假说：固定野生型下突变诱导的残基表征近似线性变化，实现样本高效定向进化。
#0842026-10-08水印生成结构
MARCO: The Radioactive Watermark for Protein Generative Models
MARCO 给蛋白生成模型植入“放射性”水印：在水印输出上训练的盗版模型可被检测。
#0852026-10-08PPI基准数据
Flock: A Negative-Enriched Protein–Protein Interaction Dataset
Flock 大规模负样本富集 PPI 数据集，直击 PPI 预测中可靠负样本稀缺问题。
#0862026-10-08生成结构
RGI-Toolkit: Differentiable Restraints for Controllable Biomolecular Structure Prediction
RGI-Toolkit 通用 Python 库，为扩散式结构预测器引入可微约束引导推理（RGI）。
#0872026-10-07De novoDTI智能体
Agentic Campaign Control for High-Throughput De Novo Binder Design
T-REX 把 de novo binder 设计化为战役级算力分配问题：目标自适应的挽救–探索–利用策略。
#0882026-10-07RNADNA生成
DIMOS: Doob-guided inference-time multi-objective search for scientific design
DIMOS 免训练 Doob 引导，让冻结掩码扩散模型在推理期满足多目标科学设计约束。
#0892026-10-07动力学生成结构
Trflow: Ultrafast all-atom protein conformational ensemble generation via conditional flow matching
Trflow 条件流匹配超快生成全原子蛋白构象系综。
#0902026-10-06DTI设计
PH-sensitive binder design with Proton-PottsMPNN
Proton-PottsMPNN 把质子化态作为一等设计变量，实现 pH 敏感 binder 设计。
#0912026-10-06蛋白LMML
AmyloCore-ML: AI/Machine Learning Enabled Identification of Amyloid Fibril Core Regions Using Protein Language Models
AmyloCore-ML 预测真正进入淀粉样纤维核心的残基，而非泛泛的聚集倾向区域。
#0922026-10-06适合度蛋白LM生成
RipplePLM: Structural and Property Decoupling for Protein Mutation Effect Generation
RipplePLM 把结构与性质解耦，做蛋白突变效应的条件生成。
#0932026-10-06蛋白LM生成表征
Generative modeling of intrinsically disordered protein regions by reinforcing sparse autoencoder features
IDiom 用 5400 万预测 IDR 库训练 IDR 专化自回归蛋白语言模型，并以稀疏自编码强化无序区生成建模。
#0942026-10-06基因组适合度
Scalable Saturation Mutagenesis Reveals Gene Regulatory Architecture and Rare Variant Effects
Multi-ISM 可扩展替代传统 in silico 饱和突变，解析长程序列的基因调控架构与稀有变异效应。
#0952026-10-06PPI生成结构
Ultrafast and Accurate Selection of High-Quality Protein Complex Models from Large-Scale Prediction
DeepUMQA-Selection 面向“生成不再瓶颈、选择才是”的后 AlphaFold 时代，超快精选高质量复合物模型。
#0962026-10-06生成设计结构
CODesign: Consistency from Data to Trajectory in All-Atom Protein Binder Co-Design
CODesign 全原子靶条件 binder 共设计，显式保证从数据到轨迹的序列–结构一致性。
#0972026-10-06药物优化
pCoMole: Pareto-Constrained Molecule Editing with Discrete Flows
pCoMole 离线 Pareto 约束离散流分子编辑。
#0982026-10-06基础模型生成结构
Higher-Order Molecular Grammars for Generative and Foundation Models in Chemistry
HGR 高阶语法表示：无损、拓扑感知的分子表示，服务化学生成与基础模型。
#0992026-10-06DNA优化
Predictor-Guided Latent Space Codon Optimization for Maximizing Protein Expression
把密码子优化化为离线模型基优化问题，真实优化目标是蛋白产量（A280 近似）。
#1002026-10-06抗体智能体设计
AbRefine: Framework-Conditioned Refinement for Structure-Guided Antibody CDR Design
AbRefine 利用被多数方法冻结的框架序列做条件化精修，改进结构引导抗体 CDR 设计。
#1012026-10-06生成结构
A structure-aware generative AI framework for revealing functional relationships in protein families @PNASNews
结构感知生成框架为同一蛋白家族构建并行隐生成景观（氨基酸 MSA 与结构），揭示功能关系。
#1022026-10-06PPI基准表征
Auditing Protein-Protein Interaction Signals with Sparse Autoencoder Fingerprints
AuditPPI 用稀疏自编码指纹把序列 PPI 预测变成可审计的表格学习问题。
#1032026-10-06LLM智能体生成
Evaluator-in-the-loop Monte Carlo Tree Search via LLM Agents for Motif Scaffolding in Protein Design
评估器在环 LLM 智能体 MCTS 做 motif 支架：论证失败候选含状态特异性线索，优于“生成即过滤”。
#1042026-10-06蛋白LMLLM结构
SoftGene: Protein language model-enhanced soft prompting for interpretable gene set annotation
SoftGene 软提示把蛋白序列结构注入冻结本地 LLM，做可解释基因集注释。
#1052026-10-06水印生成设计
Function-preserving watermarking of AI-generated proteins @Nature
SynthIDBio 把水印嵌入 AI 生成蛋白实现来源追踪且保持功能（Nature 报道）。
#1062026-10-06适合度进化结构
Structure-aware Reinforcement Learning for Protein Directed Evolution
StructEvo 结构感知强化学习框架做蛋白定向进化，缓解 ML 辅助进化的结构盲区。
#1072026-10-06稳定性表征
StabilityArc: Decoding Protein Sequence Embeddings into Generalizable Stability Landscapes
StabilityArc 检验单一“共享解码器”能否从序列嵌入解码可泛化的蛋白稳定性景观。
#1082026-10-06LLM基准结构
Does Learning Protein Folding Generalize to Broader Reasoning?
Fold2Reason 检验在可验证的蛋白折叠监督上后训练的 LLM 能否迁移到更广推理能力。
#1092026-10-06DNA基因组基础模型
Mendel, a foundation model of human genetic variation, prioritizes regulatory variants and improves gene expression prediction
Mendel 从零在人类全基因组上训练的变异中心 DNA 基础模型，优先排序调控变异。
#1102026-10-06生成结构强化学习
Riemannian Flow Models with Reinforcement Learning for Molecular Crystal Structure Prediction
CG-OMatG 等变黎曼流匹配加强化学习预测分子晶体结构。
#1112026-10-06DNA基因组基础模型
VANDAM: Viewing a Nucleotide Sequence with DNA Molecular Priors
VANDAM 把 DNA 当分子而非字符串：为基因组基础模型加入显式分子先验训练。
#1122026-10-06酶设计
Designing enzymes for new-to-nature chemistry and non-natural substrates with AlphaProtein Novo @GoogleDeepMind
DeepMind AlphaProtein Novo：面向非天然化学与新底物的 ML 酶设计管线。
#1132026-10-05De novo抗体生成
MIMOSA: Guiding De Novo Antibody Design with Natural Interaction Fingerprints
MIMOSA 推理期框架把已知 binder 结构化为天然相互作用指纹，指导 de novo 抗体设计。
#1142026-10-05RNA生成结构
Leveraging Secondary-Structure Information for Accurate Nucleic Acid Structure Prediction with OFoldNA
OFoldNA 统一全原子扩散框架：核酸单体折叠与蛋白–核酸共折叠，显式利用二级结构信息。
#1152026-10-05De novo肽智能体
Pair-complete structural gating enables Pareto optimization of de novo cyclic peptides with preserved binding geometry and improved developability
RF-PepTune 局部精修靶结合环肽，在成对结构门控下做多性质 Pareto 优化。
#1162026-10-05适合度优化
Feedback-calibrated protein optimization with batch-aligned tail arbitration
把蛋白优化化为序贯决策：实验反馈不止用于重训预测器，辅以批量对齐的尾部仲裁校准。
#1172026-10-05PPI表征
GraPPI: A self-supervised graph encoder for transferable protein–protein interaction modeling
GraPPI 自监督图编码器在蛋白复合物层面学习可迁移的 PPI 表征。
#1182026-10-05RNA进化逆折叠
RNA Design via Conditioned Flow Matching and Finite-Policy Reinforcement Learning
把 RNA 逆折叠化为进化式变异–选择：条件流匹配学结构条件坐标，再接有限策略强化学习。
#1192026-10-05适合度基础模型
A general harness for protein foundation model fitness prediction
VRH 模型无关、免训练推理层，提升冻结蛋白基础模型的适合度预测。
#1202026-10-05肽逆折叠生成
AtomWeaver: Multi-Component Flow Matching with a Structured Geometric Prior Facilitates Non-Canonical Peptide Design
AtomWeaver“先原子后标签”肽逆折叠：多组分流匹配加结构几何先验，支持非天然组分。
#1212026-10-05De novoDTIPPI
De novo design of flexible protein interactions with GuideFlip
GuideFlip 针对柔性靶点（尤其 IDP）做 de novo 相互作用设计：结合态结构由 binder 诱导稳定后才存在。
#1222026-10-05稳定性结构
Unified Modeling of Mutation-Induced Protein Stability Responses with OmegaTherm
OmegaTherm 统一序列框架联合预测折叠自由能变 ΔΔG 与熔解温度变 ΔTm。
#1232026-10-05动力学逆折叠设计
Spinet: Sheaf Protein Inverse Folding Network
SPINET 鞘网络把逆折叠条件化在动力学上：从分子动力学轨迹直接预测序列而非单一骨架。
#1242026-10-05抗体免疫设计
AbGaze: Attentive geometric representation learning for end-to-end antibody design
AbGaze 端到端抗体设计，显式编码抗原表面距离、趋近方向等跨分子几何。
#1252026-10-05生成设计药物
One Sequence, Many Decodings: CAGenMol-2 Recasts Drug Design as Masked Molecular Inference
CAGenMol-2 单模型掩码扩散分子语言模型：“任务即掩码属性”，同一包裹序列多种解码做药物设计。